Esto ha sido realmente molesto estos días. He encontrado una forma muy eficiente de solucionarlo.

Me he ido al siguiente archivo:
/components/com_community/templates/default/css/style.css
Y he buscado el z-index de la barra de menús en la siguiente línea:

#jsMenu{background: url('/amph/../images/bar-bg.png') bottom repeat-x #d1d1b0;font-size:12px;position:relative;padding:10px 0 6px;margin-bottom:15px;-moz-border-radius:5px 5px 0 0;-webkit-border-radius:5px 5px 0 0;border-radius:5px 5px 0 0;z-index:99999999}

Después he cambiado su valor a 1:

#jsMenu{background: url('/amph/../images/bar-bg.png') bottom repeat-x #d1d1b0;font-size:12px;position:relative;padding:10px 0 6px;margin-bottom:15px;-moz-border-radius:5px 5px 0 0;-webkit-border-radius:5px 5px 0 0;border-radius:5px 5px 0 0;z-index:1}